Los pfnm generalmente se encuentran formando parte de la vegetación natural, es decir, de los ecosistemas de bosque, selvas y semi-desiertos. Su presencia actual coincide a menudo con las áreas llamadas “de monte” o terrenos de uso común en comunidades rurales; y su abundancia con los sitios de amplia importancia para la conservación.

Si bien originalmente bajo la denominación de pfnm se hacía referencia únicamente a especies “silvestres” de recolección, dicho concepto se ha venido ampliando en la medida que se avanza cada vez más en el desarrollo de técnicas de domesticación, lo que incluye opciones de “enviveramiento” in situ, manejo de plantaciones bajo sombra en bosques secundarios o “acahuales”, o bien de manejo de poblaciones naturales (comúnmente conocidos como “manchones”), todo esto orientado mediante planes de manejo que tanto recuperan saberes campesinos, como involucran estudio científicos en ecología, agroforestería y socio-economía.

Así, dados los sitios en que se encuentran los pfnm y las técnicas de manejo sostenible que se han ido generando en torno a su aprovechamiento, mismas que dependen en buena medida de la existencia de dosel o cubierta forestal en buenas condiciones de preservación, su presencia está casi siempre asociada directamente al buen estado de conservación de los ecosistemas en que habitan. Por ello, se puede afirmar que el manejo sostenible de los pfnm conlleva la conservación de los ecosistemas en su conjunto, y viceversa. 

Esto se ve reforzado por el tipo de estrategias económicas familiares predominantes en el centro y sur-sureste de México, caracterizadas por su amplia diversificación, las cuales implican que el manejo de los pfnm sea complementario y considere la relación de estos con todos los demás recursos naturales presentes en el territorio. Así, manejar adecuadamente los pfnm para los campesinos, supone conservar los macizos vegetales y las relaciones con especies animales que permiten su reproducción y sobrevivencia.